Algumas doenças afetam a atividade motora do tubo digestivo. O tubo digestivo tem um componente muscular que conduz seu conteúdo da boca ao ânus. Esta função necessita uma coordenação que envolve várias interconexões e alterações nesta função podem ser avaliadas por testes da motilidade. Ainda dificuldades na digestão, absorção e alterações na flora bacteriana podem ser avaliados por testes respiratórios que avaliam fermentação e formação de gases no intestino. Estes gases são parcialmente eliminados pela respiração e podem ser detectados por um aparelho específico.